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中小企业规模比较小，产品种类多，经营有相对的灵活性。据统计，我国中小企业数量超过企业总数的70%，中小企业总产值已经占全部工业总量的60%，销售收入占总额的57%。电子商务给中小企业提供了与大企业公平竞争的平台。电子商务带来的经济利益，使许多中小企业已经在实施或者即将实施电子商务。中小企业电子商务发展的水平，可以从一定程度上反应我国企业电子商务发展现状。但中小企业电子商务的发展在面临机遇的同时，也遇到了不少的问题。下面将从管理、基础设施、执行力和社会政治经济环境等几个主要方面来讨论中小企业电子商务发展过程中遇到的问题。其中既有大企业同样面临的问题，也有中小企业电子商务的个性化问题。
1、对电子商务的认识不足
许多中小企业管理基础落后，领导信息化意识不强，也没有充分认识到知识经济时代抢占信息市场的重要性。或者对如何开展电子商务理解比较片面，如认为电子商务就是上网，或简单地建一个网站，而相关的管理基础却没有跟上，企业的电子商务仅停留在表面的网站建设上。因此中小企业不但在观念上要重视电子商务，而且要了解电子商务的实质，不宜盲目跟风。
此外，电子商务不单是一个企业的事情。中小企业供应链的管理能力欠缺，如何和供应链的核心企业合作，借助其平台或第三方共享交易平台开展业务也是中小企业开展电子商务的重要话题。
2、基础设施落后
中小企业使用互联网和参与电子商务的程度参差不齐。据统计，目前参与电子商务的企业仅为22.3%，在众多的行业用户中，汽车行业、电子行业和贸易行业等信息化建设水平较高。但在这些领先的行业，电子商务的应用也极不平衡，很多网站都不成熟，如网站建设目的不明确，不知道目标用户是谁，不能反映出企业的形象，网站功能简陋，用户找不到自己需要的信息，用户的咨询也常常得不到回复等。有些企业虽然建立了网站，但过于关注于传统业务，网站利用率极低，甚至成为一个空壳。
由于资源有限，许多中小企业需要把主要精力集中放在业务上，难以投入足够的资源进行信息化建设。但中小企业普遍对采购、生产、库存、销售、财务和人事等方面的应用有一定需求，应用服务提供商模式ASP(application service provider)就成为中小型企业开展电子商务的选择。就目前ASP的发展情况而言，由于观念、安全等方面的因素影响，ASP在国内的发展并不让人满意。
3、执行力不足
由于中小型企业管理者还未充分认识到电子商务给企业发展，营销手段带来的革命性变化，对人才的培养没有足够的重视，导致电子商务人才的匮乏。中小型企业开展电子商务需要既要懂技术，又要懂业务的人才。但这方面的人才在大企业也不是很充裕。专业人员的不足，电子商务模式缺乏创新，导致中小型企业缺乏网络经营的经验，电子商务的优越性表现不出来，许多中小型企业涉足电子商务心有余力不足。
资金短缺是中小企业的普遍困难。在有限资金的合理使用方面，许多中小企业尚处于摸索阶段。很多中小企业对硬件的投资占到整个信息化投资80%以上，而配套软件和IT服务等方面投入相对滞后，对软件的选型不恰当，咨询合作伙伴协调不力，最终会使企业的投资回报率低，难以获得持久的发展动力。
4、社会配套服务体系不健全
由于国内电子商务还处于电子商务初级发展阶段，中小型企业开展电子商务还缺乏一个成熟的商业环境。相对大企业而言，中小型企业的电子商务开展相对较晚，在这种环境下可能面临的问题更多。由于目前中国在电子商务方面的法律法规不健全以及信用、支付和物流等电子商务发展的瓶颈，由政府、中介服务体系和IT厂商共同构建的一个完善、诚信和高效的中小企业信息化社会信息服务体系还不健全，导致进行网上交易的企业有一定的风险，难以充分发挥电子商务的优势，使中小企业对电子商务缺乏一定的信心。
5、缺乏系统的规划
中小型企业开展电子商务往往缺乏长远规划，比较注意短期效益。电子商务涉及业务转型，不同企业发展电子商务的方式也是不同的。从利用互联网浏览、收集、发布信息，到建立企业网站，建立信息平台，实施网上采购，再到建立行业联合采购平台，完善自己的供应链管理系统等。
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