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文件系统在操作系统中体现文件命名、存贮和组织的整体结构，由文件、目录和对这些项目定位及存取所需的信息组成。不同的操作系统所采用的文件系统各不相同，现就常用的FAT文件系统与NTFS文件系统加以对比。
文件系统 | 支持的操作系统 | fat文件 | ms-dos、windows 95、
windows 98、windows nt及
windows 2000 | ntfs文件系统 | windows nt及windows 2000 |
★FAT文件系统★
FAT文件系统最早是MS-DOS操作系统中采用的，而后在Windows操作系统中也使用了它。如果想实现Windows NT或Windows 2000和MS-DOS或Windows 95或Windows 98的双重启动，必须用FAT文件系统格式化系统分区。
早期的FAT文件系统采用16位的文件分配表(也称为FAT16文件系统)，主要使用于DOS、Windows 3.x/95中，由于其在硬盘分区太大时所分配的簇的容量不科学，只能管理2GB以下的硬盘。在Windows 98中除可以采用FAT16文件系统外，新增了对FAT16文件系统的增强版本FAT32文件系统，它采用32位的文件分配表，能有效地管理2GB以上的硬盘，最多可以支持2TB的磁盘容量。
★NTFS文件系统★
NTFS文件系统只能在安装了Windows NT/2000系统的计算机上使用。NTFS文件系统与FAT文件系统相比，功能更强大，适合更大的磁盘和分区，支持安全性，是更为完善和灵活的文件系统。
在NTFS文件系统中，对于不同配置的硬件，实际的文件大小从4GB到64GB。由于NTFS文件系统的开销较大，使用的最小分区应为50MB。
NTFS文件系统与FAT文件系统相比最大的特点是安全性，NTFS提供了服务器或工作站所需的安全保障。在NTFS分区上，支持随机访问控制和拥有权，对共享文件夹无论采用FAT还是NTFS文件系统都可以指定权限，以免受到本地访问或远程访问的影响；对于在计算机上存储文件夹或单个文件，或者是通过连接到共享文件夹访问的用户，都可以指定权限，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统和数据的安全。NTFS使用事务日志自动记录所有文件夹和文件更新，当出现系统损坏和电源故障等问题而引起操作失败后，系统能利用日志文件重做或恢复未成功的操作。
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