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自从PC推广应用以来，为了实现对磁盘文件的管理，已先后出现过FAT、NTFS、FAT32等硬盘分区格式，它们各自具有不同的优缺点与兼容性，使用者应根据电脑的配置，硬盘容量的大小以及操作系统的种类来选用合适的文件系统。
1. FAT
FAT即文件分配表，也即人们常说的FAT16。它是自DOS、Windows 3.x以来广泛使用的硬盘分区格式，是传统的16位文件系统。它有极好的兼容性，DOS、Windows 、Windows NT的各种版本，以及其他各类操作系统都支持FAT16。它相对速度快， CPU资源耗用少，所以至今仍是各类机器硬盘常用的分区格式。但是传统FAT16的不支持长文件名，受到8＋3，即8个字符的文件名加3个字符扩展名的限制。单个分区的最大尺寸为2GB，单个硬盘的最大容量一般不能超过8GB，所以如果硬盘容量超过8GB，8GB以上空间则因无法利用而浪费。当分区尺寸为2GB时，单“簇”（磁盘容量最小单位）尺寸为16KB，当文件数量巨大时会白白遗留许多无法利用的空间。在Windows NT中采用FAT格式，不能恢复已被删除的文件。此外，这种文件系统因其兼容性好，来者不拒，就导致安全性差，易受病毒攻击。
自Windows 95起微软推出扩展文件分配表VFAT，它突破了8＋3的限制，支持长文件名，最长可达255个字符，包括后缀，并且文件名中可包含多个空格或多个后缀，其它优缺点基本同FAT16。
2. FAT32
FAT32是Windows 95 OSR2版开始推出兼容16位的32位文件系统。最大特点为使用较小的簇（每簇仅为4KB）分配文件单元，大大提高硬盘空间利用率，减少了浪费。单个硬盘的最大容量达到2TB（1TB=1024GB），为海量硬盘的使用者提供了方便。它支持长文件名，能很好运行 DOS、Windows 95－2000的各种版本，但系统开销要大于FAT16。这种文件系统的安全性仍然较差；FAT32可以兼容FAT16，但无法访问NTFS分区。对于像Word一类的编辑软件产生的文本文件而言，在FAT32的机器上建立的文件只有以“纯文本”格式存盘，才能在FAT16的电脑中打开，在Windows 95 OSR2、Windows 98中提供了FAT16向FAT32之间的单向转换功能。
3. NTFS
NTFS即是Windows NT的文件系统，它的最大优点是安全性和稳定性好，全32位内核的NTFS为磁盘目录与文件提供安全设置，指定访问权限，难以受到病毒侵袭。NTFS自动记录与文件的变动操作，具有文件修复能力，不需要运行磁盘碎片整理等磁盘工具。系统不易崩溃，出现错误能迅速修复。每簇仅为512个字节，硬盘利用率最高。它主要缺点正由于其高筑壁垒，闭关自守，从而导致兼容性差。Windows NT的NTFS可以访问FAT文件系统，但是逆向造访就会吃闭门羹，如在DOS下系统会显示“Invalid drive specification”（无效驱动器指派）。在Windows NT 4.0中提供了FAT向NTFS的单向转换功能；在最新的，具有NT内核的Windows 2000中，提供了FAT转换为NTFS或FAFAT32的功能。这些转换在进行之前应慎重考虑。
综合上述分析，建议在硬盘容量允许的条件下安装双引导操作系统，在逻辑C区采用FAT16或FAT32文件系统，安装Windows 95/98，将那些需要与各种PC环境都有广泛适应性，而又不太重要的软件、文档（如游戏）放于其中，这样即使发生意外，也不致造成重大损失，重装系统也较容易；在逻辑D区或其他分区采用NTFS文件系统，安装Windows NT，将网络、文字处理，以及那些适合在NT下运行的软件，如3D Studio Max、Softimage/3D等放于其中，也将那些需要严加保护的重要数据、文档放于其中，使之固若金汤，避免损毁。（成都 刘国栋）
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