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并不是Linux 操作系统的所有版本都支持Pentium 4芯片，这是该芯片的又一个缺陷。Linux操作系统的很多预装版本，包括 Caldera 系统公司的eServer 桌面和服务器产品，都不能在配备了Pentium 4的计算机上运行，Intel官员承认了这一点。然而Intel说这得由个别的Linux 供应商来更新他们的操作系统以保持彼此的兼容。
根据LinuxGram 网站的报导， Intel唯一鉴定可以与Pentium 4在一起工作的Linux 版本是Red Hat公司的Red Hat 7.0以及Turbolinux的TurboLinux 6。其他的产品，包括Caldera，Corel，MandrakeSoft以及SuSE――在它们的 CPUID 数据库中都没有包括CPU识别信息。结果是，如果有人安装这些版本的Linux，操作系统就无法识别芯片。
Caldera的工程副总裁Darren Davis说Caldera有意决定在其当前发布的eServer 2.3 和 eDesktop 2.4 产品中不增加对于Pentium 4的支持。Caldera计划在第二季度在两产品的新版中增加对Pentium 4 的支持，它们将基于Linux 2.4的内核。Davis说Pentium 4没有多少顾客需求，至少到目前为止。
Intel坚持说这是Linux 供应商的过错。Intel的发言人George Alf说公司已经把CPUID 的信息告诉了Linux供应商，所以Turbo 和红帽子已经能提供对新芯片的支持。Caldera 的Davis基本上同意这种说法，他说：“Intel给了我们大家我们所需要的信息”。他说 Caldera 决定把所有的补丁放在即将来临的升级版中，而不再发布一个单独的Pentium 4补丁。Alfs说为了支持Pentium 4，Linux 供应商只需要简单地使用由Intel 供应的CPUID代码 或下载Linux 2.4内核的Test 11版本，它包括了Pentium 4的CPUID代码。Linux 2.4 的最终版本预计将在本月发布。
Red Hat的Linux能够在Pentium 4上启动，但是产品经理Marty Wesley 说可能还会有问题。“我们不支持它。我们相信还有一些问题有待解决，”他说。 他说Pentium 4 的问题将在Red Hat的下一个版本的Linux中得到解决，其代号为Florence，预定在2000年的第一季度发布。那个版本将使用 Linux 2.4内核。Wesley 说CPUID问题对于不同的 Linux 公司是不同的，因为它们经常使用不同的安装程序。
在经历了一系列延期后，Pentium 4 计算机在11月20日以后继续出售。 Pentium 4的速度比市场上的其他芯片快，然而测试者和部分分析家说该芯片到目前为止在性能上没有出现一个飞跃。它在多媒体应用上做的很好，但是在商业应用上不如AMD的 Athlon芯片。
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